این نیروها در ۱۲ بهمن سال ۱۳۵۷ وظیفه امنیت امام خمینی(ره) و بعد از آن اسکان ایشان را در مدرسه علوی و رفاه برعهده داشتند. روایت‌های گوناگونی از تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی وجود دارد. ولی مورد محرز این است که هیئت اولیه و مؤسس سپاه دارای ۱۲ نفر بود.

بر اساس این گزارش، نیروهای دولت موقت به ریاست مهندس بازرگان در اوایل پیروزی انقلاب قصد داشتند گاردی با عنوان ملی یا نخست‌وزیری تشکیل دهند تا در مقابله توطئه‌های داخلی و آشوب‌ها تشکیل دهند. بعدها محمد توسلی یکی از رهبران ارشد نهضت آزادی گفته است که وی این پیشنهاد را به بازرگان و او به امام خمینی(ره) داده است و ایشان هم برای حجت‌الاسلام لاهوتی حکمی مبنی بر تشکیل این نهاد زدند.

گفتنی است بر اساس اسناد تاریخی در نهم اسفند ۱۳۵۷ جلسه‌ای با حضور برخی از اعضا گروه‌های مسلح انقلابی در پادگان عباس‌آباد تشکیل می‌شود. در این جلسه عباس آقازمانی(ابوشریف)، محسن رفیقدوست، مرتضی الویری، علی محمد بشارتی، محمد غرضی، حسن جعفری، علی فرزین، ضرابی، هاشم صباغیان، تهرانچی و علی دانش‌منفرد حضور دارند و بر اساس نظر حضار دانش‌منفرد نخستین فرمانده سپاه معرفی می‌شود.

بر طبق خاطرات محسن رفیق‌دوست، وزیر سابق سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در این جلسه مقرر شد که دانش آشتیانی شد فرمانده سپاه، غلامعلی افروز مسئول امور نیروی انسانی، علی محمد بشارتی مسئول اطلاعات، و مرتضی الویری مسئول روابط عمومی سپاه منصوب شوند.

در آن زمان سه نیروی مسلح انقلابی در تهران وجود داشت. گاردی معروف به انقلاب در پادگان جمشیدیه به سرپرستی عباس آقازمانی، گارد دانشگاه‌ها یا پاسا به سرپرستی شهید محمد منتظری و نیروهای مسلح سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی به سرپرستی محمد بروجردی فعالیت می‌کردند. بعد از این جلسه نیز مقرر شد، با دو گروه دیگر صحبت شود تا آنها هم به حکم امام به داخل سپاه بیایند و شورای مرکزی فرماندهی با حضور ۱۲ نفر تشکیل شود. رفیق‌دوست، ایده دهنده تشکیل سپاه را شهید محمد منتظری معرفی می‌کند. بشارتی هم این خلاقیت را از آن امام می‌داند.

در اساسنامه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی که با حضور ۱۲ نفر تشکیل شد، مقرر گردید که سپاه زیر نظر شورای انقلاب فعالیت کند و فرمانده آن توسط امام حکم بگیرد. اعضای شورای ۱۲ نفره سپاه شامل؛ عباس زمانی، جواد منصوری، عباس دوزدوزانی، محمد منتظری، یوسف کلاهدوز، محمدکاظم موسوی بجنوردی، مرتضی الویری، محمد بروجردی، محسن رضایی، محسن رفیق‌دوست و علی دانش ‌منفرد بود و از طرف شورای انقلاب هم اکبر هاشمی رفسنجانی در آن حضور داشت.

بعد از تشکیل اساسنامه سپاه فرماندهی آن شورای شد و جواد منصوری به‌عنوان نخستین فرمانده سپاه بعد از اعلام رسمی آن انتخاب شد. منصوری در تاریخ ۵۸/۲/۱۱ با صدور اطلاعیه‌ای هشت ماده‌ای دستورالعمل جدید سپاه را صادر و طی آن نکاتی را به پاسداران انقلاب اسلامی تذکر می‌دهد. جواد منصوری از اردیبهشت تا دوم اسفند همان سال فرماندهی سپاه را برعهده داشت و بعد از ریاست‌جمهوری بنی‌صدر از این سمت استعفا داد و راهی وزارت خارجه شد.

یک دوره‌ای سه ماه هم عباس دوزدوزانی، به‌عنوان فرمانده سپاه فعالیت کرد و به‌دلیل اختلاف با بنی‌صدر استعفا داد. عباس آقازمانی فرمانده بعدی بود که او هم یک‌ماه بعد استعفا داد. بنی‌صدر در ۲۲ تیر ۵۹ حکم فرماندهی سپاه را برای مرتضی رضایی زد و او در ابتدا نپذیرفت و بعد از آن با حکم امام این مورد را قبول کرد. مرتضی رضایی هم به‌دلیل اختلاف با بنی‌صدر استعفا داد. رهبر انقلاب از خرداد تا ۲۲ تیر فرماندهی سپاه را برعهده داشتند.

بعد از این ماجرا امام خمینی(ره) دستور داد شورای سه نفره برای سپاه تشکیل شود. شهید محمد بروجردی، شید یوسف کلاهدوز و محسن رضایی فرمانده سه‌گانه سپاه شدند.

رفیقدوست می‌گوید او با بروجردی و کلاهدوز صحبت می‌کند تا فرماندهی را برعهده نگیرند و محسن رضایی بعد از عزل بنی‌صدر از ریاست‌ جمهوری در شهریور سال ۱۳۶۰ با حکم امام فرمانده سپاه شد و تا سال ۱۳۷۶ در این سمت بود و از این سال تا ۱۳۸۶ نیز سرلشکر رحیم صفوی در سمت فرماندهی بود از آن سال تاکنون محمدعلی جعفری این مسئولیت را برعهده دارد.

یکی از نکات بسیار جالب در فرماندهی اوایل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از زبان مرد سایه یعنی عباس آقازمانی عنوان شده است. او گفته است که برای انتخاب فرمانده سپاه قصد داشتم انتخابات برگزار کنیم. ابوشریف افزود: «به همین خاطر بنی‌صدر روزی به فرماندهی سپاه آمد. در حالی که من در جبهه‌ها بودم، وی انتخابات را به شیوه خود برگزار کرد. در این انتخابات عده‌ای به جلال‌الدین فارسی و گروهی به دوزدوزانی و برخی هم به غرضی رأی دادند؛ اما من بیشترین آرا را بدست آوردم و بدین ترتیب به عنوان فرمانده سپاه انتخاب شدم، اما بنی‌صدر در حکم خود این گونه نوشت که من ابوشریف را به‌عنوان فرمانده سپاه انتخاب می‌کنم. بعد من از بنی‌صدر خواستم تا حکمی برای بنده با عنوان انتخاب من برای فرماندهی سپاه از طریق انتخابات بنویسد ولی نپذیرفت و گفت‌ همان حکمی را که دادم کافی است».

ابوشریف ادامه داد: «بنابراین من به خدمت امام رفتم و عرض کردم که این حکم آقای بنی‌صدر، حکم ضعیف و سستی است و من نمی‌توانم با این کار کنم، زیرا برخی اختلافات بنی‌صدر با سایر مسئولان به سپاه هم کشیده خواهد شد. من گفتم اگر شما این حکم را تأیید کنید من کار را ادامه می‌دهم و الا حکم را نمی‌پذیرم. امام حکم را تأیید ولی امضای آن را به فردا موکول کردند».

وی تصریح کرد: «روز بعد قصد داشتم خدمت امام بروم تا حکم را امضا فرمایند، اما حاج احمدآقا این اجازه را به من نداد. بدین ترتیب امام حکم را تأیید نکردند و من هم استعفا دادم. پس از آن افراد مختلفی از جمله آقای دوزدوزانی انتخاب شدند، ولی از آنجایی که شورای فرماندهی سپاه کسی را برای رهبری جبهه‌ها نداشت چارت سازمانی را تغییر داد و جای فرماندهی عملیات را پایین آورد و پرسنلی را ارتقا بخشید و آیت‌الله خامنه‌ای به‌عنوان فرماندهی سپاه منصوب شدند. از من هم خواستند تا مسئول پاسخگویی به جبهه‌ها باشم که من قبول نکردم و بعد از سه ماه با معرفی من مرتضی رضایی که فرمانده سپاه تهران بود با حکم بنی‌صدر و تأیید امام فرمانده سپاه شد». به همین ترتیب هشت فرمانده به خود در تاریخ ۴۰ ساله دیده است.